Tiền thân của Khoa Công nghệ Thông tin (CNTT) là Bộ môn Tin học, được thành lập từ đầu những năm 1988, chịu trách nhiệm giảng dạy các môn Tin học cho các chuyên ngành trong toàn Trường. Tháng 10/2003 Bộ Giáo dục và Đào tạo ra quyết định thành lập Khoa CNTT, Trường Đại học Giao Thông Vận Tải. Tiếp theo đó ngày 21/11/2003 Trường Đại học Giao thông ra quyết định thành lập Khoa CNTT do Phó Giáo sư, Tiến sĩ Phạm Văn Ất làm Trưởng Khoa với cơ cấu 3 bộ môn: Khoa học máy tính (do TS. Trần Văn Dũng làm trưởng bộ môn), Công nghệ phần mềm (do ThS. Phạm Thị Thu Hương làm trưởng bộ môn), Mạng và các Hệ thống thông tin (do ThS. Phạm Thanh Hà làm trưởng bộ môn).

Khoa CNTT có 03 bộ môn: Khoa học máy tính - trưởng Bộ môn - TS. Hoàng Văn Thông; Công nghệ phần mềm - trưởng bộ môn - TS. Nguyễn Hiếu Cường; Mạng và các Hệ thống thông tin - trưởng bộ môn - TS. Nguyễn Quốc Tuấn). Từ ngày thành lập đến nay đội ngũ giáo viên của Khoa ngày càng phát triển về số lượng và chất lượng, hiện nay Khoa có 32 giáo viên, trong đó có 1 Phó Giáo sư, 09 Tiến sĩ, 22 thạc sĩ và 06 nghiên cứu sinh đang học tập nghiên cứu ở trong và nước ngoài.

Chương trình đào tạo ngành Công nghệ thông tin nhằm tạo ra các kỹ sư có năng lực chuyên môn, phẩm chất chính trị, đạo đức và sức khỏe tốt, có tri thức và kỹ năng về việc phân tích, thiết kế, lập trình, đảm bảo kỹ thuật để xây dựng các phần mềm và các hệ thống thông tin đáp ứng nhu cầu ứng dụng công nghệ thông tin trong sự nghiệp xây dựng phát triển của xã hội. Chương trình đào tạo được xây dựng trên cơ sở nghiên cứu áp dụng chương trình khung của Bộ Giáo dục - Đào tạo và các chương trình giảng dạy bậc đại học của các nước tiên tiến.

Ngành đào tạo: Chương trình đào tạo của khoa bậc đại học đào tạo chung 1 ngành Công nghệ thông tin, trong đó sinh viên được lựa chọn 4 lĩnh vực chuyên sâu:

- Công nghệ phần mềm

- Hệ thống thông tin

- Khoa học máy tính

- Mạng máy tính và truyền thông

Trang thiết bị: khoa CNTT có hai phòng thí nghiệm CNTT với 80 máy tính cấu hình cao, hệ thống mạng hoàn thiện, với cơ sở vật chất này Khoa CNTT đã triển khai có hiệu quả các hoạt động thí nghiệm, thực hành và nghiên cứu khoa học cho sinh viên và cán bộ GV. Ngoài ra còn có 01 phòng thí nghiệm Samsung Lab do tập đoàn SamSung tài trợ với nhiều máy tính thiết bị mạng giúp sinh viên thực hành chuyên sâu.

Hoạt động nghiên cứu khoa học cho sinh viên đã đi vào nề nếp, đã nhiều năm nay khoa CNTT luôn duy trì từ 20-30 đề tài nghiên cứu khoa học sinh viên hàng năm, các đề tài của sinh viên đã hướng tới những vấn đề hiện đại và thực tiễn đang đặt ra, một số đề tài đã được gửi đi dự thi đề tài NCSV cấp Bộ. Đội tuyển Olympic hàng năm đều dự thi và đạt giải cao trong kỳ thi Olympic tin học sinh viên việt nam và kỳ thi lập trình quốc tế ICPC.

Bộ môn Công nghệ thông tin Cơ sở II được thành lập ngày 8/2016 ngay sau khi Cơ sở II Trường Đại học GTVT được nâng cấp thành Phân hiệu tại TP.HCM theo quyết định của Bộ trưởng Bộ GD&ĐT. Hiện nay Bộ môn CNTT có nhiệm vụ quản lý và giảng dạy 51 học phần của ngành CNTT, 03 học phần cho các chuyên ngành khác tại Phân hiệu TP. HCM. Bộ môn trực tiếp quản lý và đào tạo ngành Công nghệ thông tin tại Phân hiệu gồm kỹ sư, cử nhân đại học chính quy, vừa làm vừa học, bằng 2, liên thông. Bộ môn CNTT tham gia nghiên cứu đề tài nghiên cứu khoa học các cấp, công bố các bài báo khoa học trên các Tạp chí chuyên ngành. Đội ngũ GV cơ hữu tại Phân hiệu: Bộ môn Công nghệ thông tin tại Phân hiệu gồm có 5 GV, trong đó có 100% GV có trình độ trên đại học gồm 04 Thạc sĩ, 01 Nghiên cứu sinh.